實施設計完成後，將進入系統運行階段，然而在系統的運行過程存在著數據、轉換、二次開發、安全等風險。因此我們必須對運行過程中的各種風險加識別並給以控制，來保證系統的安全順利運行。
　　壹、提高數據的準確性與合理性
　　據有的專家說：是“三分設計、七分管理、十二分設計”由此可見，數據在ERP系統實施過程中的要性。所以企業運行ERP時，要做數據的收集、數據輸入、數據處理的等工作，保證數據的準確性與合理性。
　　1.做好數據輸入人員的合理分工
　　由於系統初始化的數據量和種類非常大，如果讓壹個人或幾個人來完成可能會造成數據輸入的混亂，為此我們必須在數據輸入前做好嚴格的、合理的人員分工，保證數據輸入工作更加有條不紊。比如按照財會、材料、固定資產、生產、庫存、訂單、供應商、銷售、客戶等來合理的分組與組內分工。
　　2.保證數據收集與輸入準確性
　　數據正確性包括兩方面的含義。首先，收集到的數據本身必須是正確的(即數據來源是正確的),否則會造成“垃圾進、垃圾出”的數據處理有效率無效果現象；數據本身的正確性更多的依賴於企業各部門數據收集人員,他們應當保證上交數據是正確的,沒有遺漏、重復,也沒有過時、失實的數據。其次在把收集到的數據輸入系統的過程中，不能引入任何附加的錯誤。
　　3.尋找數據不準的原因，提高準確性
　　數據不準確的原因有很多種，主要有：(1)激勵機制。在以工時定額為基準的獎勵制度下，當操作人員估計當月的獎金數己經差不多了，或打算下月自己要請幾天假時，他/她會留下壹些工時放到下個月去用，而不如實填報；此外，分配任務的班組長還有可能把工時定額油水大的活安排給與自己關系好的人去做，甚至會打亂了整體計劃。總之，以完成工時定額作為發獎金的標準，其指導思想不是以客戶滿意為中心，因此，必須改革這種不利於數據準確的激勵機制。
　　(2)各個業務人員數據處理不及時。以庫存業務為例，如果沒有做到“日清月結”，編制計劃往往根據的是壹個滯後的信息，得出的結論就將是錯誤的。因此我們壹定要制定規範化的“工作準則與工作規程”，來保證數據的正確與實時傳遞，準確和實時的信息為企業的業務分析和決策提供可靠的保障。
　　4.在數據準確性的基礎上，進壹步保證數據的合理性
　　數據準確不等於這個數據就是合理的。拿“定貨批量”這個參數舉例，對采購來講，由於產品設計上的問題，標準化和通用化工作比較差，同壹種類型物料的規格過於雜亂，以至於按照每種規格的需求數量定貨，由於批量小，會增加采購成本。如果按照供應商要求的小批量定貨，又會造成庫存超量。使有些企業上了ERP系統，庫存不但未減，反而增加的怪現象。